Se ubicada en la parte norte del Estado de Sonora, a 80 kilómetros de la frontera, colinda al norte con Nogales, al sur con el municipio de Santa Ana, al este con Imuris y Cucurpe y al oeste con los municipios de Tubutama y Sáric.
Y las principales localidades son San Ignacio, San Isidro, Tasiacuri y El Sásabe. La cabecera municipal fue fundada a principios del siglo XVII por el alférez Juan Bautista Escalante. Le fue otorgado el título de ciudad por decreto el 1ro. De diciembre de 1923. Como principales atractivos turísticos, cuenta con: Templo de Santa María Magdalena, lugar donde se venera la imagen de San Francisco Javier, Santo de gran reconocimiento tanto en Sonora.
Otro sitio es la Cripta del Padre Kino, honorable recinto que guarda los restos mortales del Misionero Jesuita Eusebio Francisco Kino, evangelizador de la Pimería Alta ; otro lugar es la Plaza Monumental , construida en 1966, actualmente se pueden encontrar la Cripta , el Templo, Casa de la Cultura Municipal , Museo y el monumento de Luis Donaldo Colosio Murrieta.
También puedes visitar el Museo Padre Kino, lugar donde se exhiben objetos diversos de las culturas indígenas de la región, como fotografías, armas y vestiduras; y por último el Palacio Municipal, que cuenta con hermosos vitrales y grabados que reflejan la historia del municipio y el Estado. Magdalena de Kino, te ofrece: cultura, historia, alimento mexicano e internacional, zonas de descanso, lugares para acampar y fiestas tradicionales.
