Se localiza al noreste de Sonora y es considerada de reciente creación, en comparación con otros municipios del Estado de Sonora.
En la porción Norte colinda con Douglas, en el Estado de Arizona; hacia el Este con el Estado de Chihuahua al sur con los Municipios de Fronteras y Nacozari, al oeste con el Municipio de Naco. Los orígenes del poblado de Agua Prieta, se remonta a finales del siglo XVIII, durante la construcción de las vías ferroviarias que unieron a Douglas, Arizona, con los minerales de Nacozari de García, Sonora.
El territorio que hoy ocupa el Municipio, estuvo habitado por apaches chiricahuas. Su nombre proviene del vocablo ópata Bachicuy, que en castellano significa Agua Prieta, por a la cercanía con la laguna del mismo nombre. Este lugar se ha convertido en uno de los polos de desarrollo más importantes de nuestra entidad que da trabajo a cientos.
