Anteriormente la población se llamó Chalchicomula, nombre náhuatl que significa “pozo en el que abundan las piedras verdes”. Según los expertos, es el mejor punto de partida para llegar hasta la cumbre del Pico de Orizaba, entrando por la población de San José Llano Grande, 12 km al noreste.

Su nombre viene de las raíces náhuatl: "atl", agua y "choloa", gotear; y que significa "agua que gotea". Esta población fue fundada 600 años a. de J.C. Se han constituido edificios piramidales, desde principios de esta era hasta el siglo XVI.

Izúcar de Matamoros dió entrada a tribus Zapotecas, Mayas y Nahuas, estos últimos revolucionaron la técnica agrícola con el sistema de riego.